Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого (13 сентября 2000 года) при таинственных обстоятельствах произошла ужасная катастрофа — всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества, большая часть суши оказалась под водой.Секретная организация «NERV», действующая под эгидой ООН, создает Токио-3 — огромную военную базу. Задача Токио-3 — защита человечества от начавших появляться на Земле таинственных гигантских Ангелов или Посланников. Единственное оружие, могущее им противостоять — пилотируемые биороботы серии «Евангелион». Однако управлять «Евами» могут только подростки, зачатые после Второго Удара.Первым боевым пилотом «Евы» становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя «NERV» Икари Гэндо, — замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники «NERV», от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта — наступление окончательного Конца Света…

Будущее. Человечество одну за другой теряет свои колонии и миры, проигрывая таинственным Жертвам, инопланетянам, желающим стереть землян с лица Вселенной. Последний оплот людей — планета Сион, не опаленная пока огнем жестоких сражений, а последняя надежда человечества — пять гигантских боевых роботов серии «Богини» и меньшие по размеру роботы огневой поддержки.Для подготовки пилотов и техников армии землян создается огромная Академия операторов Богинь (АОБ). Работа Академии затрудняется тем, что пилотировать роботов могут только молодые люди, вчерашние подростки, наделенные Экс — экстрасенсорными способностями. Поэтому курсантами Академии становятся дети, не готовые поначалу ни физически, ни морально взять на себя ответственность за судьбу земной цивилизации.Зеро Энна — пятнадцатилетний юноша, новый и очень перспективный курсант. Высокий уровень его Экс дает основания надеяться, что со временем он может удостоиться чести управлять одной из Богинь. Однако для этого надо учиться, учиться и учиться…

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

Действе фильма происходит в 2071 году. В ходе террористический бомбардировки был высвобожден смертельный вирус, который погубил многих. Правительство назначило неимоверное вознаграждение тому, кто сможет поймать виновника. Команда охотников за головами космического корабля «Бибоп» берутся за это расследование, в надежде найти преступника и отдать его в руки правосудия. Но не только они ведут эту охоту.

Мию — принцесса-вампир, которая, путешествуя по миру, изгоняет демонов шинма. Эти монстры вот уже не одно столетие наводят ужас на человечество. Девушка решает поступить в школу, чтобы лучше изучить людей и разыскать всех демонов до последнего.