2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

На археологических раскопках в Месопотамии происходит взрыв, после которого планета терпит сильные изменения. Небо становится похожим на зеркало, вся техника выходит из строя, а дети начинают рождаться с мистическими способностями.

Пересказ на новый лад эпоса древних шумеров о царе Гильгамеше. Из многих крупиц складывается мозаика, которая рассказывает о противостоянии великих сил.

Тайная организация «Акросс» строит планы по захвату мира. Главой этой организации является Ильпалаццио, который только и делает, что изучает английский и музицирует, поручая всю грязную работу Эксель, девушке, которая безумно влюблена в этого ленивого злого гения.

Действие картины разворачивается в эпоху Токугава. Цукикагэ Ран, которая любит выпить, и её верная подруга Мяу «Стальная Кошачья Лапка» путешествуют по стране, помогая тем, кто нуждается в помощи.

Эйичиро Маруо, ученик старшей школы, скромный отличник и гений, неожиданно осознаёт, что он недоволен своей жизнью. Понимая, что ему не хватает физической нагрузки, он решает заняться спортом. На глаза Эйичиро попадается флаер, в котором сообщается о наборе людей в теннисный клуб. Парень решает, что это судьба и записывается в команду, даже не подозревая какой сложный путь ему придётся преодолеть.