Эдвард и Альфонс Элрики, владеющие искусством алхимии, пытались вернуть к жизни свою мать, которая скончалась от болезни. Но бросив такой дерзкий вызов судьбе, они забыли о главном Законе алхимии, который гласит: чтобы получить желаемое, ты должен отдать что-то равноценное этому. Их эксперимент закончился неудачей, вследствие чего Эдвард лишился руки и ноги, а младший брат и вовсе всего тела. Но Эдвард успевает запечатать душу брата в стальных доспехах. Повзрослев и набравшись опыта, братья отправляются на поиски философского камня, который позволяет обойти Закон, чтобы закончить начатое.

Действие анимационного фильма происходит в феодальной Японии. Главный герой, странствующий Аптекарь, не только занимается торговлей лекарств, но и сражается с мононокэ, неупокоенными разгневанными духами. Чтобы использовать свой магический меч и победить духа, он должен выяснить всё о своём враге: его форму, сущность и желание.

У Кейтаро Урашимы в детстве была подруга, которая рассказала ему, что если двое любящих друг друга поступят вместе в Токийский университет, то они всегда будут вместе. Но семья его подруги переехала, и дети потеряли связь друг с другом. Проходит 15 лет, Кейтаро уже не помнит ту девочку, с которой они вместе проводили дни и поклялись друг другу, что обязательно поступят вместе в университет. Но герой всё ещё не теряет надежды её найти и прилагает все усилия, чтобы поступить в вуз.