Житель сказочной деревушки лилипутов Виллоу Афгуд мечтает стать добрым волшебником и занять место своего учителя — великого мага и чародея. Приключения начинаются, когда Виллоу вместе со своими детьми обнаруживает младенца «дайкини» — «больших людей» — в корзине, которую река прибила к берегу неподалеку от их дома.Отнесшийся к ребенку поначалу с неприязнью, Виллоу вскоре привязывается к нему всем сердцем. Тщетно пытаясь вернуть ребенка «большим людям», он оказывается вовлеченным в борьбу против злой королевы — колдуньи Бавморды. В своих скитаниях Виллоу встречает Сумасшедшего Мартигана, бывшего солдата и вора.Мартиган и Виллоу непрерывно спорят друг с другом, но в беде они — неразлучные друзья. Эта дружба и позволяет им добиться победы над злой колдуньей…

После того, как служители церкви соглашаются продать столетнюю церковь местному застройщику, на них обрушивается кара Небес.