Анимационный фильм о герое-спасителе землян - капитане Харлоке. Коррумпированное правительство планеты сдало все ресурсы Земли в распоряжение инопланетной расе и объявило капитана пиратом. Но капитан неуловимого звёздного корабля «Аркадия» не сдаётся, оставаясь для людей единственной надеждой на освобождение.

Действие анимационного фильма происходят спустя один год после событий, о которых рассказывалось в предыдущей ленте, где Титсуро и его мать Мател избавили вселенную от Механизированной Империи. Теперь им придётся постараться ещё раз, чтобы освободить галактику от тёмных сил.

В далёком будущем человечество колонизировало всю галактику, техническая революция изменила мир. Для межпланетного сообщения используются паровозные составы, галактические экспрессы, которые летают между звёзд. Для людей, которые не желают стариться и умирать, придуманы механические тела — мехари — с помощью которых можно жить вечно. Но эти тела могут позволить себе только очень богатые люди. Несмотря на бедность, беспризорник Хосино Тэцуро тоже мечтает получить вечное тело.

Оригинальная история собрана из небольших глав, рассказывающих о парне Тэцуро, который, желая отомстить злодею, пересекает целую галактику. Проделывая своё путешествие, Тэцуро попадает в разные приключения на разных планетах, где знакомится с подводными людьми, людьми-насекомыми, говорящими динозаврами и так далее. Планеты также различны: планета в стиле XX века, планета вечного лета и планета вечной зимы, золотая планета и планета непрекращающихся землетрясений.

С чего началась история Харлока — человека, ставшего вольным пиратом на просторах бескрайнего космоса? С возвращения на Землю капитаном военного корабля, перевозящего беженцев. Была война, и земляне потерпели поражение. Сопротивление ушло в подполье, и только радиовещание на пиратской волне — «Голос свободной Аркадии» — напоминает о том, что земляне продолжают бороться. Отказавшись служить захватчикам и получив нелестную характеристику от капитулировавшего премьер-министра, Харлок становится гражданским и получает продовольственную карточку. Делать нечего: ни оружия, ни корабля у бывшего капитана больше нет, как и средств к существованию, единственный способ не умереть с голоду — использовать карточку, и Харлок отправляется в местную столовую, где знакомится с опустившимся военным — механиком Тотиро…