Друзья снова пытаются вернуться домой в Нью-Йорк! Судьба заносит их на Лазурный берег юга Франции. И, чтобы уйти от преследования французских ветеренарных служб лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и гиппопотам Глория вступают в труппу бродячего цирка.

Жизнь на воле с дикими животными оказалась не такой привлекательной, как думали друзья в начале своего путешествия. Поэтому лев Алекс, зебра Марти, гиппопотам Глория и жираф Мелман решают сбежать с острова с помощью вездесущих пингвинов. Однако всего пингвины просчитать не смогли, и всю компанию занесло в Африку. Здесь Алекс встречает свою семью, с которой был разлучён в детстве, но найти общего языка с дикими родственниками не так-то просто.

Дикие по сути, но привыкшие к комфорту Центрального зоопарка в Нью-Йорке, лев Алекс, зебра Марти, гиппопотам Глория и жираф Мелман идут на побег. В поисках новых ощущений они неожиданно оказываются на острове Мадагаскар, где обитают совсем незнакомые им животные, явно не относящиеся к цивилизованному обществу зоопарка. Здесь друзьям придётся выживать самостоятельно без помощи людей, а только благодаря своим природным инстинктам.