К мальчику Джиму случайно попала карта, на которой обозначен остров с несметными сокровищами капитана Флинта. Он вместе со своим верным другом-мышонком отправляется в плавание. Но вскоре смельчаков настигают пираты. После неравной схватки друзья терпят поражение, и морские разбойники продают их работорговцу. В тюрьме они знакомятся с пленницей Кэти, внучкой капитана Флинта. Теперь их трое, и вместе они способны не только вырваться из застенков, но и преодолеть самые опасные препятствия на пути к богатству…

В одно мгновение жизнь Хаято рушится, когда гигантский робот Голем, круша Токио, убивает его родителей. Все уверены, что разрушитель был послан таинственным капитаном с Корабля-Призрака, который бороздит океан и уничтожает все судна, попадающиеся ему на пути. Все, но не Хаято. Герой уверен, что здесь что-то не так. Поэтому он отправляется в опасное путешествие, чтобы раскрыть тайну Корабля и остановить захватчика.