Девочка по имени Мадока, считает, что у неё нет никаких талантов, и она никогда не потерпит насилия. Но однажды, она заключила контракт с Кюбэем, чтобы сражаться против ведьм, несущих проклятья жителям земли.

Действие анимационного фильма происходит в 2112 году, когда контроль за людьми ужесточается настолько, что ребёнку при рождении вживляют чип, который называется «психо-паспорт». С помощью этого устройства специальная программа способна считывать физическое и психическое состояние человека, определять дальнейшую судьбу и вовремя его останавливать, если он вдруг задумает преступление. Таких людей мгновенно отлавливают и помещают на лечение в больницу. Но не только простые служители порядка имеют право заниматься поимкой будущих преступников, но и «перевоспитавшиеся» люди. За такими нужен глаз да глаз, несмотря на то, что теперь они на стороне закона. Эта задача возложена на молодого инспектора Аканэ Цунэмори.

Фильм сделан в лучших традициях аниме и фантастики. Противостоянии двух цивилизаций человечества и планеты, которая после поражения самого большого Годзиллы, создаёт и посылает на бой нового монстра - Кинга Гидору.

Сбежав от опасных монстров, возглавляемых Годзиллой, на другую планету, люди обнаруживают, что их новый дом не пригоден для жизни. Появляется группа, которая хочет вернуться на Землю, чтобы дать бой чудовищам, и они решают повернуть назад. Однако из-за ошибки в системе навигации корабль выходит из гиперпространства около родной планеты спустя 20 000 лет после побега. На Земле полностью уничтожены следы пребывания человечества, а во главе пищевой цепочки находится Годзилла.